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虛擬存儲網(wǎng)絡解決復制和存儲DNA的需求
虛擬存儲網(wǎng)絡解決復制和存儲DNA的需求
更新時間:2008-1-4 10:41:44 ( 編輯:映君 )
斯坦福醫(yī)學院斯坦福基因組技術中心(Stanford Genome Technology Center,SGTC)獨立研究員Mostafa Ronaghi是一位有名的生物工藝學專家,他在DNA測序方面獲得了多項專利證書,并且研究出一種名為Pyrosequencing(焦磷酸定序)的技術,利用這種技術方法可以對人類基因組進行測序。然而說到數(shù)據(jù)存儲,Ronaghi卻不是專家了。
Ronaghi談到他們SGTC研究小組時說:“我們是生物學家,對存儲軟件知之甚少,在遇到有關存儲技術的難題時就變得非常急躁。”
所以當Ronaghi在為SGTC小組的DNA Pyrosequencing Machine產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)文件尋求一種安全的存儲和復制方法時,他向廠商明確表示所選方案必須是易用、易擴展、存儲數(shù)據(jù)易讀取的。
超高像素圖像(Ultra-hi-res)存儲
對Ronaghi來說,超高像素圖像存儲解決方案應該是將原始容量為60GB到70GB之間的數(shù)據(jù)進行處理,之后以33MB到160MB左右的容量進行存儲。這些非常珍貴的圖像數(shù)據(jù)資料需要被妥善地保存并且至少保留一個備份,確保信息信息在設備發(fā)生故障的時候可以安全保存下來,使Ronaghi和他的研究小組可以在與其他科研機構的合作者共享數(shù)據(jù)資源。
此前SGTC正在使用一種歸檔系統(tǒng)來存儲他數(shù)據(jù)密集文件和超高像素圖像數(shù)據(jù)。Ronaghi表示:“但是搜索這些數(shù)據(jù)是一個令人頭疼的問題。”當他們想要讀取這些數(shù)據(jù)文件的時候系統(tǒng)速度就變得非常慢。因此Ronaghi也想尋求一種更好的解決方案。
2006年Ronaghi聽說了Parascale,Parascale正在開發(fā)一種可以在x86 Linux和戴爾服務器等常用系統(tǒng)或設備上運行的虛擬存儲網(wǎng)絡(VSN)。Ronaghi與Parascale取得了聯(lián)系,因此當VSN上市的時候,Ronaghi成了Parascale的第一個用戶。
Ronaghi在2007年秋季采用了VSN以來就一直對它的表現(xiàn)非常滿意。
Ronaghi表示,VSN的安裝非常簡便,就像使用一般的軟件一樣。他說:“VSN有一個非常不錯的用戶圖形界面,使用非常簡便,所以我們可以檢測出硬件設備上的工作負載情況。我們可以自己制定規(guī)則,至少保留數(shù)據(jù)三到四份備份。因此,如果我們有兩個磁盤驅動器或者兩臺服務器發(fā)生故障的話,我們完全不必擔心丟失數(shù)據(jù)。”
Ronaghi還對VSN能夠在SGTC小組的戴爾x86服務器上運行感到非常滿意,這意味著他們不必去購買額外的硬件設備或者應用,并且可以在必要的時候進行拓展。目前,SGTC已經(jīng)可以存儲容量達3TB的數(shù)據(jù),但是他們還將在2008年上半年將系統(tǒng)容量拓展到可以存儲10TB的數(shù)據(jù)。
除了以上提到的可以幫助SGTC將容量拓展到他們所需水平的特點之外,Parascale VSM的另一大特點就是處理速度非常快。Ronaghi表示:“這對我們來說非常特別,因為有了歸檔系統(tǒng)之后,你可能只需要拓展系統(tǒng)而不必同時拓展帶寬。”他說,有了VSN用戶讀取數(shù)據(jù)時系統(tǒng)的速度就不會慢下來,為用戶的使用提供了很大的便利。
可擴展的解決方案
Parascale VSN與其它存儲廠商的解決方案的不同之處在于Parascale VSN的可拓展性、可以存儲超高像素圖像等容量較大的文件、以及可以使用x86服務器上的軟件等特點。
Parascale首席執(zhí)行官Bill Evans表示:“我們提供了業(yè)內(nèi)唯一一套可以在業(yè)內(nèi)標準硬件上配置文件系統(tǒng)的存儲解決方案。其他一些方案是要求NAS設備或者SAN的,但是所有這些產(chǎn)品都是用戶定制的硬件與軟件融合的解決方案。你可以在任何一款Best Buy(美國家電連鎖巨頭)購買的計算機上運行我們的軟件。”
Evans表示:“斯坦福基因組技術中心面臨的挑戰(zhàn)之一就是容量非常大的超高像素圖像。他們不必采用一種顛覆式的升級方法(比如用存儲容量50TB的NAS或者SAN設備替代原先容量10TB的設備,年年周而復始……),現(xiàn)在他們只要通過網(wǎng)絡就可以大大拓展存儲空間——因為我們提供的是一個網(wǎng)絡方案而不是一個應用方案。所以,如果他們配置了我們提供的三個存儲節(jié)點,他們就可以在每個存儲節(jié)點上增加更多的存儲空間或者增加更多的存儲節(jié)點,這些多不會對目前的配置操作產(chǎn)生任何影響,最大的好處是不必再進行原來那種顛覆式的升級操作了。”這些都將為像SGTC這樣的用戶節(jié)省下大量的成本資金。
談到那些潛在的Parascale用戶,Evans表示:“一旦你需要更多的服務器來管理存儲的時候,我們就是你們的最佳選擇。更確切地說,我們的解決方案適用于那些數(shù)據(jù)存儲容量至少3TB、使用x86服務器、接受這種存儲拓展方式的企業(yè)用戶。”
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